高温、过酸、过碱会破坏蛋白质的空间结构但不会破坏肽键，蛋白质水解酶可以破坏肽键。一般认为蛋白质的二级结构和三级结构有了改变或遭到破坏，都是变性的结果。能使蛋白质变性的化学方法有加强酸、强碱、重金属盐、尿素、丙酮等；能使蛋白质变性的物理方法有加热（高温）、紫外线及Ｘ射线照射、超声波、剧烈振荡或搅拌等。
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