1、捕食性天敌：包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、蚂蚁、蜥蜴、壁虎、食虫虻和鸟类等，鸡粪是家蝇和厩蝇的孳生物，但其中常存在生性凶残的巨螯螨和蠼螋，会捕食粪类中的蝇卵和蝇蛆。
2、寄生性天敌：如姬蜂、小蜂等寄生蜂类，它们往往将卵产在蝇蛆或蛹体内，孵出幼虫后便取食蝇蛆和蝇蛹。有人发现，在春季挖出的麻蝇蛹体中，60.4%被寄生蜂侵害而夭亡。
3、微生物天敌：日本学者发现森田芽孢杆菌可以抑制苍蝇孳生。
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