在特异性表达某些基因的组织中，活化基因附近mCpG较非表达组织中明显降低至30％左右。同时，有Hl的压缩状态核小体中含有哺乳动物细胞核DNA中80％的甲基化CpG。因此认为基因表达与CG甲基化程度呈负相关，C的甲基化可能加强阻遏蛋白或降低激活蛋白与DNA的结合，或因mCpG的甲基伸入DNA双螺旋结构的大沟，影响DNA与结合蛋白的相互作用。可能由于C的甲基化使DNA双螺旋大沟中过分拥挤从而改变了DNA不同构象间的平衡，用序列相同但甲基化水平不同的DNA为材料进行实验，发现甲基的引入不利于模板与RNA聚合酶的
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