有以下主要不同：
1、北大成立于1898年，是中国第一所国立大学。北大以中国最高学府身份建立，最初身兼教育部职能，其成立标志着中国近代高等教育的开端。北大的文科，理科，医科均为全国第一。
清华成立于1911年，1928年升格为大学。清华是由美国归还的部分，庚子赔款”而建立的，留美预备学堂，清华的工科全国第一。
2、北大是一首综合性大学，而清华是工科性大学，几乎没有文科专业。
3、清华擅长 ：自动化，机械，建筑，电子，电机等工科；北大擅长 ：数学，物理，
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